Woda mająca recyrkulować powinna zostać uzdatniona na pierwszym etapie rozruchu całego układu, to jednak nie jest wystarczające. Wraz z wodą tzw. uzupełniającą, a także w wyniku kontaktu z powietrzem, w wodzie recyrkulującej pojawiają się zanieczyszczenia mogące wpływać na jakość i bezpieczeństwo funkcjonowania układu, dlatego też trzeba stale monitorować ich poziom i podtrzymywać procesy uzdatniania.

Osady

Jednym z podstawowych rodzajów zanieczyszczeń w wodzie recyrkulującej są różnego typu osady. Brud i szlam mogą osiadać na powierzchni wymiany ciepła w związku z unoszeniem się w powietrzu cząstek materii, zwłaszcza organicznej, co wpływa dodatnio na rozwój mikroorganizmów i ujemnie na sprawność termiczną układu. W ramach prewencji zastosować można system filtrów, natomiast gdyby już doszło do pojawienia się zawiesin organicznych, ich obecność daje się zredukować przy użyciu chemicznych biodyspersantów.

Organizmy żywe

Biodyspersanty często wchodzą w skład biocydów, tj. środków hamujących rozwój niechcianych organizmów żywych, które również mogą zanieczyszczać wodę recyrkulującą. Środki te występują w wariancie zarówno utleniającym, jak i nieutleniającym, rozprawiając się z grzybami i bakteriami, których obecność w układzie istotnie obniża jego efektywność cieplną, a poza tym stwarza zagrożenie dla zdrowia. Oprócz preparatów chemicznych w podobnym celu stosuje się także m.in. ozonowanie oraz promieniowanie ultrafioletowe, jak również jony srebra i miedzi.

Korozja

Jednym z czynników mogących przyspieszać namnażanie się niektórych bakterii bywają tlenki żelaza powstające w wyniku korozji elementów konstrukcyjnych systemu chłodniczego. Korozja ta, zwłaszcza przedwczesna lub przyspieszona, w dużym stopniu skraca żywotność układu, dlatego tak ważne jest doraźne stosowanie jej chemicznych inhibitorów, jak również – a nawet przede wszystkim – regularna kontrola jakości wody uzupełniającej i obiegowej, co potwierdzają eksperci z zajmującej się uzdatnianiem wody firmy Global Concepts 2000 Polska.

Kamień

Wiele środków antykorozyjnych wykazuje zarazem właściwości odkamieniające. Oprócz ich użycia kluczowe jest także zmiękczanie wody uzupełniającej do poziomu, w którym obniży się poziom zagrożenia kamieniem kotłowym oraz monitorowanie szczelności całego układu, jako że kamień to jeden z najgorszych rodzajów zanieczyszczeń występujący w wodzie recyrkulującej. Osadza się jednakowo na stali nierdzewnej, jak i na tworzywach sztucznych, nie ma więc znaczenia, z czego zbudowany jest układ. Zakamienienie tymczasem nie tylko stwarza doskonałe warunki do namnażania się drobnoustrojów, ale też z jednej strony obniża efektywność procesu chłodzenia, podwyższając temperaturę bardziej, niż to przewidziano dla danego układu, z drugiej zaś bez względu na obciążenie tego ostatniego czy porę roku – zwiększa zużycie energii. Związane z nadmiernym osadzaniem się kamienia przegrzewanie sprężarek może prowadzić nawet do konieczności zatrzymania całego układu.